清潔生產評估系統為綠色工廠標章認定資格之一，分為「一般行業清潔生產評估系統」(以下簡稱一般行業評估系統)及「特定行業清潔生產評估系統」(以下簡稱特定行業評估系統)。

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一般行業評估系統適用於所有行業之評定，其目的在於評估工廠是否持續進行清潔生產活動。然而，由於各行業別屬性不同、能資源耗用與污染物排放等環境議題差異大，經濟部產業發展署將依據產業之政策與重點發展項目，陸續發展各特定行業之評估系統，以契合不同行業之特性、建立行業別之綠色產業基準。評估系統架構說明如下圖。

評估系統架構包含「一般行業清潔生產評估系統」與「特定行業清潔生產評估系統」。
「一般行業清潔生產評估系統」為製造業通用性標準，評估工廠是否持續進行清潔生產活動。
「特定行業清潔生產評估系統」依產業製程與環境議題分別制定，現已公告7項行業評估系統，分別為『半導體業(IC製造)』、『半導體業(IC封裝/測試)』、『平面顯示器面板業』、『印刷電路板業(PCB製造)』、『光電半導體業(磊晶/晶粒製造)』、『造紙業』、『紡織業』，未來也將持續增訂其他行業評估系統。

工廠申請綠色工廠標章時，應選擇適當之特定行業評估系統進行清潔生產評估，若工廠所屬行業之評估系統尚未公告，可使用一般行業評估系統進行評定。通過清潔生產評估系統符合性判定者，始符合綠色工廠於生產營運管理之要求。
 
清潔生產評估系統之評分指標項目如下圖所示：
清潔生產評估系統分為四大構面，分別為「生產製造」、「產品環境化設計」、「綠色管理及社會責任」、「創新思維與其他」。其中：
「生產製造」又可細分為『能資源節約』、『綠色製成』、『污染物產生及管末處理功能』三個指標群；
「產品環境化設計」為『環境友善設計』指標群；
「綠色管理及社會責任」可細分為『綠色管理』、『社會責任』兩個指標群；
「創新思維與其他」可細分為『創新思維』、『其他』兩個指標群。


各評估系統詳細內容請參考評估系統指引。