清潔生產評估系統涵蓋生產製造、環境化設計、綠色管理及社會責任、創新及其他四大範疇，依使用對象可分為特定行業清潔生產評估系統及一般行業清潔生產評估系統。
特定行業清潔生產評估系統在能資源使用及污染物排放等定量指標評估部份，已建立產業標竿值(如半導體業，已建立生產單位產品之耗電量、耗水量等數值)，透過廠內數據與產業標竿值之比較，評估清潔生產程度。
至於一般行業清潔生產評估系統，在定量指標部份，則透過評估工廠廠內數據是否持續改善，進行評分。
此外，在定性指標部份，特定行業之評分項目亦已針對該行業設計，一般行業定性指標之評分項目，則以國際趨勢為主。詳細內容可參考清潔生產評估系統指引。